H.T. Waterbolk tijdens een bezoek aan de terpopgraving Oosterbeintum. Foto Geert Delger (© Rijksuniversiteit Groningen, Groninger Instituut voor Archeologie).
Het moet lastig zijn geweest een zo invloedrijk geleerde als professor Van Giffen op te volgen. Zijn voorganger bleef zich als gepensioneerde immers intensief met de archeologie bemoeien. Aanvankelijk richtte Waterbolk zich dan ook sterk op de natuurwetenschappelijke kant van de archeologie; naast zijn werk in de archeobotanie volgde hij scherp de ontwikkelingen van de 14C-methode. De archeologie kon de natuurkundig te dateren monsters leveren, waarbij de archeologische context kon bijdragen aan de interpretatie van de datering.
Waterbolk was in staat zijn instituut sterk uit te bouwen door steeds meer medewerkers aan te stellen. Hierdoor kregen specialisten een kans. Er kwam een afdeling archeobotanie onder leiding van Wim van Zeist, archeozoölogie onder leiding van Anneke Clason, diverse tijdperkspecialisten en in samenwerking met de drie grote musea provinciaal archeologen voor Drenthe, Friesland en Groningen. Daarnaast bleef het Instituut ook buiten Nederland onderzoek doen, vooral in de gebieden waar de akkerbouw en de veeteelt ontstonden. De tijd van zijn voorganger, die in zijn eentje het instituut was en op alle terreinen van de archeologie meespeelde, was voorbij.
Bij het archeologisch onderzoek in Noord-Nederland kwam de focus sterk op Drenthe te liggen waar ontginningen en later dorpsuitbreidingen veel mogelijkheden boden. In dit nederzettingsonderzoek kon Waterbolk zich uitleven op het puzzelen met paalgaten. Zo werden complete nederzettingen gereconstrueerd. Hij ontwierp typo-chronologieën van huisplattegronden, een baanbrekend werk waarmee Waterbolk internationaal indruk maakte.
Waterbolk bleef zijn hele leven lang ook bioloog. Enthousiast werkte hij mee aan het boekje Terpen, mens en milieu. Waterbolk was een van de eerste archeologen die geïnteresseerd waren in de archeologie van het cultuurlandschap. Op dit punt wees hij de natuurbeschermers op het belang van de antropogene kant van de natuur, dat wat wij in Nederland natuur noemen, grotendeels door de mens is gevormd. Zijn studie naar de continuïteit van prehistorische bewoning tot en met de middeleeuwse buurtschappen is van grote invloed geweest. Als hoogleraar-directeur onderhield hij een groot internationaal netwerk. Hij was lid van de Koninklijke Academie van Wetenschappen. Waterbolk was een productief wetenschapper. Zijn eerste publicatie op twintigjarige leeftijd in het mededelingenblad De Kale Jonker van district 1 van de NJN werd gevolgd door honderden publicaties in binnen- en buitenland met als laatste, in 2019, zijn autobiografie.
In de jaren vijftig was de aantasting van wierden en terpen door de commerciële terpafgravingen tot stilstand gekomen. Hierdoor was de noodzaak van het terpenonderzoek kleiner was geworden. Aan Van Giffens gedram op dit punt gaf Waterbolk schoorvoetend gevolg met de opgraving Tritsum. Waterbolk stimuleerde verder de herinterpretatie door Praamstra van de plattegronden van Ezinge. Daarna volgden vanuit zijn instituut nog belangrijke noodopgravingen zoals Middelstum Boerdamsterweg, Foudgum, Heveskesklooster en in de stadsterpen van Leeuwarden. De uitwerking daarvan liet hij aan zijn medewerkers over.
Waterbolk eigen inbreng vormde de relatie van Drenthe met het kustgebied waarbij hij de vroege terpbewoners neerzette als geëmigreerde Drenten, voorafgegaan door de mogelijkheid om vanuit Drenthe met kuddes de vruchtbare kwelders als seizoensbeweiding te benutten. Deze zogenaamde transhumance laat echter nagenoeg geen archeologische sporen na zodat bewijzen ontbraken. Een bijzondere publicatie vormde de herinterpretatie van de paalgaten in Van Giffens opgraving De Wierhuizen in 1916-17. Van Giffen begon met deze opgraving zijn archeologisch onderzoek en begreep van de paalgaten feitelijk niks. Na een lange carrière in de Drentse huisplattegronden lukte het Waterbolk in 2001 de paalgaten van De Wierhuizen te duiden. De cirkel was hiermee rond. Voor een goed begrip van het wierdenland was, zoals Van Giffen in 1917 al betoogde toen hij hunebedden wilde opgraven, kennis van Drenthe inderdaad onmisbaar.
De terpenvereniging herdenkt Tjalling Waterbolk als een invloedrijk archeoloog onder wiens leiding zijn instituut uitgebouwd werd tot een belangrijke instelling waar het onderzoek van de wierden voortgang boekte op de terreinen van de botanie, zoölogie en 14C dateringen. Waterbolk heeft, energiek voortbouwend op het fundament van Van Giffen, een grote eigen bijdrage geleverd aan de goede naam van de Noord-Nederlandse archeologie in Europa. Hij inspireerde tot op hoge leeftijd generaties archeologen, historisch-geografen en biologen. Naast dit alles was Waterbolk ook man, vader en grootvader. Zijn naasten hebben net als de archeologie hem lang bij zich gehad. Voor hen is het heengaan van deze bijzondere man stellig een groot verlies. Dat vele goede herinneringen hun tot troost mag zijn.